La posizione geografica ha da sempre rivestito un ruolo fondamentale nello sviluppo delle civiltà; è noto infatti che i principali nuclei insediativi sono sorti in luoghi sopraelevati, dai quali godere di una visuale ad ampio raggio dominante su tutto il territorio.
E' il caso di Civitella dei Conti, adagiata sulla cima di un colle che sovrasta la Media Valle del Tevere e le pendici del Monte Peglia, abbracciando suggestivi panorami che corrono fino alle vicine regioni della Toscana e delle Marche.
L'importanza strategica di questa zona ha dunque segnato la sua lunga storia: durante recenti campagne di scavi sono stati rinvenuti notevoli reperti archeologici, testimonianze di civilità a partire dall'Età del ferro fino ai giorni nostri. Considerevoli tracce sono quelle di epoca etrusca, in quanto la strada che attualmente conduce al Castello si estende proprio sull'antico percorso etrusco che collegava Perugia ad Orvieto; alcune teorie sostengono inoltre che possa essere esistito un tempio pagano.
Ancora oggi il piccolo borgo, con la sua graziosa chiesa medievale intitolata a San Michele Arcangelo, fa respirare un'aria di sacralità, di un passato che si perde nella memoria. Dell'abitato si trovano cenni in epoca bizantina, mentre l'imponente torre d'avvistamento, che presenta caratteristiche tipiche dell'Alto Medioevo, venne edificata tra il V e il X sec. durante le invasioni barbariche che seguirono alla caduta dell'Impero Romano.
La strategica posizione arroccata ha segnato il passaggio dell'allora Civitella della Montagna dai primi proprietari, i Fiordivoglia, nelle mani di Baldino di Neri dei Conti di Marsciano sotto il contado di Orvieto, passaggio che poi si è ripetuto nel corso del tempo tra le più nobili famiglie umbre.
La proprietà rimase sotto i Conti per lungo tempo, tanto da acquisirne il nome diventando l'attuale Civitella dei Conti, ma passò sotto il contado di Perugia, per un primo breve periodo nel 1376 quando chiesero protezione contro i soprusi di Orvieto, ed in seguito nel 1409 quando Manno dei Conti di Marsciano la donò a Ceccolino Michelotti a titolo nominale, continuando comunque ad esercitarvi piena giurisdizione.